Nem sempre é possível utilizar o comando de sort pois a atividade por se tornar muito demorada para isto segue algumas alternativas para retirada de linha em duplicidade.
Com utilização do sort:
$ sort input | uniq > output
Sem Utilização do sort:
$ perl -ne '$i{"$_"}++ || print' < input > output
O mesmo pode ser obtido via awk:
$ awk '!i[$0]++' < input > output
Ou:
$ awk '!($0 in i) {i[$0] ; print}' < input > output
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